Juan Cotino ha sido sinónimo de polémica durante cierto tiempo. Orgulloso defensor de sus ideas, el mismo día en que juró su cargo de presidente de las Cortes Valencianas, quedó clara su singularidad. Son conocidas sus buenas relaciones con la Iglesia: El propio Benedicto XVI obtuvo el cargo de Horchatero Mayor gracias a él.
Sin embargo, también posee un lado mucho más temperamental y conflictivo. Basta con recordar la trifulca que protagonizó junto a Mónica Oltra cuando, al expulsarla, terminaron abandonando la sala todo su grupo parlamentario. Y todo porque no le gustaba su camiseta, que rezaba: "No nos falta dinero, nos sobran chorizos".
Sus cuentas también han estado bajo sospecha durante lago tiempo. Siendo consejero de Bienestar, decidió que el Gobierno subvencionara más plazas en las residencias de ancianos. Curiosamente, un empresa de su familia terminó siendo la parte más beneficiada de este hecho: Pasó de tener 13 a 21 residencias de ancianos, y de 11 a 40 millones de euros.
El nombre de sus sobrinos ha llegado a sonar en la trama 'Gürtel', e incluso el suyo propio ha figurado en los famosos 'papeles de Bárcenas', debido a los 200 mil euros que al parecer dio al Partido Popular en dinero negro.