La juez concluye esta parte de la investigación tras tomarles declaración indagatoria a los tres miembros de la cúpula de ETA, quienes cumplen condena en Francia. No así respecto del exparlamentario de la ilegalizada Euskal Herritarrok José Antonio Urrutikoetxea, 'Josu Ternera', a quien no se ha podido comunicar su procesamiento en la causa al encontrarse en busca y captura.
Una vez declarado concluso el sumario se abre lo que se conoce como fase intermedia de procesamiento y se remite a la Sección Segunda de la Sala de lo Penal a fin de que se pronuncie sobre la apertura de juicio oral contra los tres históricos de la banda, de acuerdo con la resolución de la magistrada de la Audiencia Nacional. Ella misma desgajó la causa en seis procedimientos diferentes cuando se puso al frente de la instrucción al considerar que no existía nexo de conexidad entre los atentados investigados.
Las pesquisas se iniciaron en julio de 2015 a partir de las querellas presentadas por la asociación Dignidad y Justicia (DyJ), la Fundación Luis Portero y otras víctimas de ETA. En octubre de ese año el antecesor de Carmen Lamela en el juzgado de Instrucción número 3 de la Audiencia Nacional, Juan Pablo Gónzález, procesó a los cuatro jefes de la banda además de a Aitor Elizaran Sarasola, aunque la causa para este último se archivó.
El magistrado recogió en su auto siete atentados mortales cometidos por ETA desde el año 2004, fecha en la que el delito de lesa humanidad fue incorporado al Código Penal, y les imputó un total de 25 delitos de asesinato terrorista por atentados como los que acabaron con la vida de los ciudadanos ecuatorianos Carlos Alonso Palate y Diego Armando Estacio en la T-4 de Barajas en diciembre 2006; el exconcejal socialista Isaías Carrasco en Mondrágón (Guipuzkoa) en marzo de 2008; el guardia civil Juan Manuel Piñuel en Legutiano (Alava) en mayo de ese año; y el brigada Luis Conde en Santoña (Cantabria) en septiembre.
También atribuyó a la cúpula de la banda los atentados que acabaron con la vida del empresario Ignacio Uría en Azpeitia (Guipúzcoa) en diciembre de 2008; el policía nacional Eduardo Puelles en Arrigorriaga (Vizcaya) en junio de 2009; y los guardias civiles Carlos Sáenz de Tejada y Diego Salvá en Calviá (Baleares) en julio de 2009
El juez instructor atribuyó siete delitos de asesinato a 'Ata', seis a Iriondo, cinco a 'Txeroki', cinco a Elizaran y dos a 'Josu Ternera', que "estuvo al frente del 'aparato político'" de ETA durante los años 2005, 2006 y 2007 "en unión" del fallecido Francisco Javier López Peña, 'Thierry'. También les impuso fianzas por valor de responsabilidad civil de siete millones de euros para 'Ata', seis millones para 'Gurbitz', cinco millones para 'Txeroki' y dos millones a 'Josu Ternera'.