Iñaki Azkuna combinó durante su trayectoria política su lealtad al PNV con un discurso y estilo propios en ocasiones apartado del dogmatismo y de la línea oficial del nacionalismo vasco, lo que no impidió que se ganara el respeto de su partido consciente del tirón popular que tenía.
La figura y el quehacer de Azkuna le llevaron a sembrar la admiración en la mayor parte de la oposición, también fuera de Euskadi, aunque la izquierda abertzale siempre le afeó que en vez de apoyar la vía soberanista de su partido, su discurso fuera más cercano en ocasiones a los intereses de España y mostrara respeto por instituciones como la Corona.
El hecho de que Azkuna llegara a la política a finales de los 80 procedente de un ámbito completamente distinto, como el de la medicina, le alejó en parte del perfil del dirigente de base del PNV y optó por una línea de moderación, anteponiendo el compromiso por Bilbao al argumentario partidista. En su etapa como consejero de Sanidad (1991-1999) durante el mandato de José Antonio Ardanza defendió la alianza de gobierno que el PNV tejió con el PSE durante más de una década y que se vino a pique con la firma del pacto de Lizarra en septiembre de 1998 propiciado por la tregua de ETA.
Tras las elecciones autonómicas de octubre de ese año, que supusieron el relevo de Ardanza por Juan José Ibarretxe, el PNV se apoyó en EA y Euskal Herritarrok (EH) para alcanzar la lehendakaritza. Azkuna también se estrenó de alcalde meses antes y también tuvo los votos de EH, aunque con el paso del tiempo, acabó renegando de lo que supuso Lizarra por romper la conexión con el PSE.
El alcalde de Bilbao mantuvo con el entonces lehendakari diversas discrepancias, como cuando en julio de 2008, le afeó que siguiera intentando la vía de la consulta soberanista tras el fracaso del Plan Ibarretxe tres años antes. "Mira chico, si te das tres veces contra la pared, pues dale la vuelta a la pared y no vayas la cuarta vez también contra la pared. Por lo tanto, si el Gobierno central recurre la consulta, se acabó, vete por otro camino", le recomendó.
Frente a las tesis independentistas de ciertos sectores del PNV, Azkuna se posicionó en el ala más autonomista al entender que en torno al Estatuto de Gernika era como se podía avanzar. En los últimos años, ahondó en esta postura al definirse como "interdependista", al considerar que el País Vasco no podía afrontar en solitario el actual contexto económico. "Necesitamos de todos los que tenemos alrededor. Vamos a necesitar a los castellanos, a los aquitanos, a los alemanes, a los italianos... Y esa interdependencia nos va a llevar a ser un país cada vez más en libertad y potente", argumentó en octubre de 2012.
En una de sus últimas entrevistas, el pasado 18 de enero, en medio del debate sobre el nuevo estatus de Euskadi, dijo que no contemplaba una Euskadi independiente y se mostró partidario de aspirar a construir un "país transversal" ante el hecho de que la mitad del territorio es nacionalista y la otra mitad no "¿Una independencia? Yo no la veo. Creo en un país transversal", remarcó para rechazar una alianza del PNV y la izquierda abertzale que apostara por la secesión como en Cataluña.
Rotundo siempre en su rechazo a ETA, Azkuna también fue implacable con Batasuna y su entorno político. A la manifestación del pasado mes de enero en la que el PNV y la izquierda abertzale desfilaron juntos de manera 'silenciosa' en Bilbao entre gritos a favor de los presos, Azkuna no fue por sus achaques de salud, aunque tampoco lo hubiera hecho en condiciones normales tras recordar el "engaño" que supuso Lizarra. "Conmigo que no cuenten y espero que mis compañeros de partido sepan lo que es excepcional y lo que no es. Creo que no debemos ir juntos con esta gente más que en cosas muy puntuales", recordó.
En el tema de las banderas, aceptó -"por obligación y no por devoción"- izar la enseña española junto a la ikurriña en la fachada del ayuntamiento en abril de 2008. "No me gustan las banderas, ni los banderizos. No soy un fanático de ponerlas", era su ideario al respecto. Otra prueba más de que la delicada salud no le amilanó en su condición de verso libre en el PNV fue en la reciente polémica de los retratos franquistas del ayuntamiento, en la que se negó a retirarlos, como reclamaba Bildu, porque había que "respetar la historia, aunque moleste".
Su postura descolocó al PNV, que al final forzó una solución intermedia y el traslado de los cuadros a una sala interpretativa. Para la izquierda abertzale, comportamientos como éste han demostrado que Azkuna se había convertido en "el alcalde del PP de Bilbao" en vez de un representante del PNV, como le recriminó en febrero la portavoz municipal de EH Bildu, Aitziber Ibaibarriaga.
De igual modo, Azkuna fue 'fiel' a su pensamiento hasta el último momento y se salió de la línea oficial del PNV y del diputado general de Bizkaia, José Luis Bilbao, al defender que la Eurocopa 2020 se jugara en Bilbao, aunque España fuese anfitriona. La Familia Real es otro de los aspectos donde el veterano alcalde ha marcado distancias en los últimos años. Confeso amigo del Rey y del Príncipe de Asturias, en mayo de 2012 aseguró que la Corona había sido "un elemento de equilibrio en el difícil arte de la política" y animó a don Felipe a ser un "príncipe del siglo XXI" en un mundo "global y cambiante".