Nacido el 17 de marzo de 1942 en San Francisco, Kantner formó parte de Jefferson Airplane, una de las bandas emblemáticas de la psicodelia y el sonido californiano de los años sesenta.
La idea de formar el grupo partió del cantante Marty Balin, quien se encargó de reclutar a compañeros entre los cuales se encontró el guitarrista Paul Kantner. La banda completó su formación inicial con el también guitarrista Jorma Kaukonen, la cantante Signe Toly, el bajista Bob Harvey y el batería Jerry Peloquin.
Jefferson Airplane comenzaría con su actividad en 1965 y destacó como uno de los puntales de la efervescente y ácida escena musical de San Francisco gracias a discos como 'Surrealistic Pillow' (1967) y canciones como 'Somebody To Love' o 'White Rabbit'.
El grupo participó además en memorables festivales de la era hippie como los de Woodstock, Monterey y Altamont. La banda vivió constantes cambios en su composición y en 1974 Kantner reorganizó Jefferson Airplane junto a la vocalista Grace Slick bajo el nombre Jefferson Starship.
Antes, Kantner había dado el pistoletazo de salida a su carrera en solitario gracias a su disco debut "Blows Against the Empire" (1970). El fallecido guitarrista formó parte además de la reunión de Jefferson Airplane en 1989.