En una instrucción el fiscal Javier Zaragoza afirma que la Audiencia Nacional sería competente para actuar contra las personas no aforadas, con lo que quedarían fuera los diputados autonómicos y los miembros del Consejo de Gobierno de la Generalitat, que serían investigados en el Tribunal Superior de Justicia de Cataluña y, en su caso, el Supremo.

La Audiencia Nacional podría ejercer su competencia en este caso si se ejecutan "actos constitutivos de rebelión y sedición cuando la finalidad o el propósito de los mismos sea cambiar ilegalmente la organización territorial del Estado y declarar la independencia de una parte del territorio nacional, en el caso en cuestión de la Comunidad Autónoma de Cataluña".

Según Zaragoza, los actos que persigan ese fin violan la Constitución porque "se ejecutan con el propósito de cambiar ilegalmente la organización del Estado" y las fuerzas de seguridad deberán actuar desde el momento en que el Tribunal Constitucional invalide la resolución independentista aprobada en el Parlament catalán, ya que solo entonces quedaría certificada su ilegalidad.

Este delito de sedición -penado con entre 10 y 15 años de prisión- podría conllevar también, avisa el fiscal jefe, los de prevaricación, desobediencia, usurpación de atribuciones y el uso indebido de fondos públicos, que serían competencia de la Audiencia Nacional como delitos conexos.

Así, el fiscal jefe ordena a las distintas fuerzas de seguridad del Estado y a los Mossos que si conocen de algún hecho delictivo elaboren un informe o atestado con los datos de "ejecución, autoría, participación, circunstancias concurrentes" y lo remitan a los juzgados de instrucción de la Audiencia Nacional.

Además, les manda practicar "las diligencias necesarias para acreditar los hechos delictivos y determinar las responsabilidades penales exigibles". Concretamente, se dirige al secretario de Estado de Seguridad, a la delegada del Gobierno en Cataluña, al comisario general de Información de la Policía Nacional, al jefe superior de la Policía de Cataluña, al general jefe del Servicio de Información de la Guardia Civil, al general jefe de la Séptima Zona de la Guardia Civil, el director general de la Policía de la Generalitat y al comisario general de los Mossos.