Con apenas 37 años, Javier Martínez se convirtió en el obispo más joven de España. Nadie entonces podía imaginar que su carrera episcopal estaría llena de escándalos mediáticos. 

Miembro de los Legionarios de Cristo, Martínez fue auspiciado durante los primeros años del pontificado de Juan Pablo II hasta convertirse en 1995 en obispo de Córdoba. Sus ochyo años al frente de este obispado estuvieron marcado por sus enfrentamientos continuos con Miguel Castillejo, el sacerdote y presidente de 'CajaSur'. 

Una rivalidad que le valió para ser nombrado en 2003 arzobispo de Granada en sustitución de Antonio Cañizares. Desde entonces la polémica ha envuelto su labor al frente del arzobispado, hasta convertirse en 2007 en el primer obispo que se sentaba en el banquillo de los acusados en nuestro país. Finalmente fue absuelto de un delito de coacciones y amenazas a un canónigo de la catedral de Granada. 

Sus homilías se convirtieron en motivo de polémicas. Llegando a hablar de las mujeres que abortan: "les dan a los varones la licencia absoluta, sin límites, de abusar el cuerpo de la mujer, la tragedia se la tragan ellas".

Ese mismo año criticaba también en una carta el uso del preservativo: "el uso masivo de los preservativos no ha detenido el sida en África, lo ha propagado". Incluso, a pesar de llevar 43 de sus 67 años viviendo de la iglesia, se atrevió a criticar a los funcionarios. "España, país subsidiado y plagado de funcionarios".

Hace apenas un año volvió a ser el centro de las críticas al permitir que una editorial dependiente del Arzobispado de Granada publicara el polémico ensayo 'Cásate y sé sumisa'. Una larga y controvertida trayectoria que podría estar llegando a su fin tras destaparse la presunta trama de abusos a menores en su propia diócesis.