El papa Juan Pablo II jamás reprochó nada a Marcial Maciel, líder de la orden de los 'Legionarios de Cristo' y pederasta probado. Juan Pablo II y Maciel tuvieron una relación muy estrecha. Una de las víctimas de Marcial Maciel fue Félix Alarcón, hoy un anciano que no quiere entrar en detalles delante de las cámaras de laSexta Columna. 

"No hay que entrar en ello, había toda clase de situaciones tristísimas", explica. Sólo se atrevió a denunciar después, harto de ver los continuos gestos de cariño hacia Maciel. Entonces, él y otras siete víctimas mandaron una carta al papa denunciando al fundador de los 'Legionarios', pero Juan Pablo II nunca respondió. 

Maciel fue mimado por el Vaticano hasta su muerte. Hoy se considera probado que el líder de los 'Legionarios de Cristo' era un pederasta y que tuvo varios hijos con diferentes mujeres.

El caso de los abusos de Boston es otro de los más graves en la historia de iglesia. Su protagonista fue John Geogham, condenado a diez años de cárcel por un abuso sexual a un menor. Llegó a abusar de 130 niños y, mientras, la jerarquía trató de tapar el escándalo. 

El cardenal de Boston, nombrado por Juan Pablo II, recibió denuncias y avisos sobre más de 70 sacerdotes, pero no hizo nada. Sólo los fue cambiando de parroquia. Juan Pablo II sólo actuó cuando la situación se hizo insostenibe, cuando el cadenal reunció a su cargo lo trasladó a la curia. Según explica Rubén Amón, corresponsal de 'El Mundo' en El Vaticano durante siete años, esta táctica era algo habitual.

La estrategia de Juan Pablo II de tapar los escándalos de pederastia tuvo en España un gran alumno, el hombre que se sienta a su vera, Antonio María Rouco Varela.