Los resultados de las pruebas PCR suelen ir acompañados de un dato llamado umbral de ciclo (Ct). Se ha asumido que cuando el valor de Ct es igual o inferior a 30 esa persona se considera potencialmente contagiosa, mientras que si ese valor es superior a 30 se considera que esa persona ya no es contagiosa y que la infección ha terminado. Sin embargo, no existe tal consenso científico, y este criterio se considera arbitrario y poco fiable.

El valor del Ct se está utilizando para tomar la decisión de levantar el aislamiento de algunos pacientes. Es el criterio que figura en el documento más reciente de Estrategia de detección precoz, vigilancia y control de COVID-19 del Ministerio de Sanidad. Sin embargo, en ese mismo documento dice que "debido a la heterogeneidad de la muestra tomada y de los diferentes equipos de realización de PCR, este criterio debe ser validado por el laboratorio responsable en cada caso y definir el umbral de ciclos en el que una muestra se considera con alta o baja carga viral". Además, la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica ha publicado recientemente un informe en el que se detallan las razones por la que el valor de Ct no sirve para determinar si un paciente es contagioso o no.

Para entender qué significa todo esto, voy a explicar de forma divulgativa qué es una PCR y qué significa el umbral de ciclo:

Si el virus fuese un libro, la técnica PCR sería una fotocopiadora que está programada para hacer copias de un párrafo concreto que solo aparece en ese libro. Así, si se meten varios libros diferentes en la fotocopiadora, esta solo hará copias si entre esos libros está el que contiene el párrafo para el que fue programada. Por eso se dice que la PCR es una técnica que sirve para amplificar (hace muchas copias) y detectar virus (solo puede hacer copias de uno).

Esta metáfora de virus como libros no está muy alejada de la realidad. Los virus, igual que cualquier ser vivo, llevan material genético consigo. El material genético es como un libro en el que está escrito todo lo que concierne al virus. Solo que este libro se escribe con cuatro letras. Esas letras conforman palabras, frases y párrafos enteros, y a todo esto se le llama ADN (o ARN). No hay dos libros iguales, como tampoco hay dos virus iguales.

Para que la PCR sea una técnica específica, que solo haga fotocopias de un párrafo concreto y no se confunda con otro parecido de otro libro, primero se selecciona un párrafo que jamás va a sufrir alteraciones. Aunque se hiciesen nuevas ediciones, reimpresiones y correcciones del libro original, se selecciona un párrafo al que esto no le afecte. De esa manera, aunque aparezcan nuevas variantes del virus (como si fuesen reediciones del libro original), hay un párrafo que siempre permanece inalterable. Por eso la técnica PCR ha servido para detectar todas las variables conocidas del SARS-CoV-2, porque todas tienen el mismo párrafo en común y no hay otro virus diferente en el que aparezca.

Para que la PCR pueda detectar ese párrafo concreto, se usa una plantilla del mismo. Esa plantilla se denomina "cebador". Cuando el cebador localiza el párrafo, se pega a él y comienza el fotocopiado. De cada fotocopia se hacen fotocopias, y de estas más fotocopias, en progresión. Cada serie de fotocopias es lo que se llama "ciclo".

El SARS-CoV-2 se secuenció entero al poco tiempo de declarase la pandemia. Esto significa que la comunidad científica enseguida tuvo en sus manos el libro del virus. Los CDC (Centros para el Control y Prevención de Enfermedades de los Estados Unidos) eligieron un par de párrafos del libro como "dianas", es decir, párrafos exclusivos e inalterables del virus que servirían para identificarlos en las pruebas PCR. Se denominan fragmentos N1 y N2 (en ellos está escrito cómo son las proteínas de la nucleocápside del SARS-CoV-2) y fueron escogidos por la OMS (Organización Mundial de la Salud) como dianas de uso internacional.

¿Qué es el umbral de ciclo de la PCR? El umbral de ciclo (Ct) es la cantidad mínima de ciclos necesaria para alcanzar un nivel de copias detectable. Siguiendo con la metáfora de virus como libros esto se entenderá mejor:

En una muestra nasal, nasofaríngea o salivar hay una cantidad importante de virus diferentes (o de libros). Así que una muestra es como la biblioteca de una persona. Puede que en esa biblioteca esté el SARS-CoV-2 o no. Puede que haya muchas ediciones del SARS-CoV-2, las suficientes como para ir repartiéndolas por ahí (sería una persona potencialmente contagiosa); o puede que solo haya un par de libros maltrechos que no prestarías a nadie (sería una persona que superó la infección y ya no es contagiosa).

Tomar una muestra y hacerle una PCR sería como tomar una o dos estanterías enteras de la biblioteca y meterlas en la fotocopiadora programada para localizar y copiar el párrafo. Si hay muchos libros del SARS-CoV-2, en un solo ciclo de fotocopias saldrán muchas copias del párrafo. Pero si hay pocos libros del SARS-CoV-2, saldrán pocas copias. Hay una cantidad mínima necesaria para detectar las copias de los párrafos. Esa cantidad mínima es lo que se llama "umbral de ciclo (Ct)".

Por eso, si en pocos ciclos han salido muchas copias, significa que en la biblioteca había muchos libros del SARS-CoV-2. En cambio, si se necesitan muchos ciclos para que salga una cantidad de copias suficiente, significa que en la biblioteca apenas había libros del SARS-CoV-2. Y si no salió ninguna copia, pese a hacer decenas de ciclos, es que no hay ni un solo ejemplar del libro del SARS-CoV-2 en esa biblioteca.

Se ha establecido que 30 es el número de ciclos que sirve para determinar si en la biblioteca hay muchos libros del SARS-CoV-2 o hay pocos. Por encima de 30 ciclos se considera que hay pocos libros y que por tanto esa persona ha superado la infección y no es contagiosa. Y por debajo de 30 ciclos se considera que hay muchos libros y que esa persona todavía es contagiosa y debe mantenerse en aislamiento. El problema es que tomar el valor de 30 como criterio no es fiable porque depende de muchas variables.

Por ejemplo, una de esa variables es la propia muestra, que no es homogénea. No es lo mismo tomar como muestra dos estanterías de la biblioteca que cinco, ni es lo mismo tomar unas estanterías que otras, ni es lo mismo que la fotocopiadora copie un párrafo o pueda copiar dos o tres, o que antes de hacer la prueba se reimpriman todos los libros de la biblioteca para que haya más y sea más fácil que haya más copias de un mismo libro.

En lenguaje algo más técnico esto significa que hay métodos de extracción de material genético del virus más eficientes que dan valores más bajos de Ct. Influye el hisopo utilizado, el tipo de muestra (nasal, nasofaríngea o salivar), el volumen y tipo de medio en el que se transporte la muestra, la calidad de la muestra (celularidad), las condiciones de transporte, el tiempo de espera hasta su procesamiento, las condiciones de almacenamiento, el método y las condiciones de extracción de ácidos utilizado, los fluoróforos que sirven de marcadores, etc. Los volúmenes de extracción más altos pueden producir valores de Ct más bajos, ciertas dianas genéticas producen valores de Ct diferentes, y algunos ensayos realizan una etapa de preamplificación produciendo valores de Ct más bajos en comparación con otros. Los rangos de valores de Ct que se asocian a la presencia de virus infectivo varían según la técnica de PCR empleada, y posiblemente de la variante del SARS-CoV-2 y del estado de vacunación del individuo.

Todo esto significa que no hay un estándar internacional sobre cómo hacer la PCR para el SARS-CoV-2, y esto implica que no se pueden comparar valores de Ct ni extraer conclusiones fiables de ellos. Ni siquiera dentro de un mismo laboratorio.

Por todo esto la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica ha declarado que provisionar el valor de Ct en los resultados de PCR no solo es innecesario, sino que está injustificado, y que "el valor del Ct puede conducir a inferencias incorrectas relativas a la infecciosidad del individuo".