En 2003, Matas volvió a ganar las elecciones en Baleares, esta vez, por mayoría absoluta. Durante esa legislatura, promovió la construcción del velódromo Palma Arena. En 2003 volvió a ganar las elecciones autonómicas en Baleares, esta vez por mayoría absoluta.
Durante esa legislatura promovió la construcción del velódromo Palma Arena y del Metro de Palma. En estos años también nació IB3, la Televisión Autonómica de las Islas Baleares. En las elecciones de mayo de 2007 volvió a presentarse a la presidencia balear y, aunque obtuvo la mayoría de votos, no consiguió formar gobierno.
Abandonó la política y se trasladó a Washington junto a su familia para trabajar en la empresa privada como asesor. Matas está imputado en el llamado caso Palma Arena y se le atribuye haber ordenado el pago de desvíos presupuestarios de más de 41 millones de euros, dentro de la causa que investiga el desfase presupuestario cometido durante la construcción del velódromo palmesano y su posible conexión con el presunto enriquecimiento ilícito del exjefe del Ejecutivo autonómico.
El Ministerio Fiscal le atribuye delitos que podrían sumar penas de prisión de hasta 24 años de cárcel. Se le acusa de malversación de caudales públicos -hasta en siete ocasiones-, falsedad documental, prevaricación administrativa, fraude a la administración, blanqueo de capitales y un delito electoral, que llevarían aparejada una posible condena de más de 24 años de prisión aunque penados con un límite máximo de cumplimiento de 18 años de cárcel.