El ciclista Jesús Manzano ya había denunciado unos años antes que el deporte había perjudicado su salud: "Yo no se las secuelas que me dejará a mi esa medicina, yo creo que no voy a llegar a los 50"
Y en 2006 el teniente de la Guardia Civil, Enrique Gómez Bastida, abrió una investigación: "Pudimos identificar a un médico concreto y a una serie de entrenadores relacionados con deportistas. Una investigaciones que se centraban fundamentalmente en un laboratorio de análisis clínicos que se encontraban en el centro de Madrid",
La investigación reveló una red liderada por el doctor Eufemiano Fuentes que ofrecía a sus clientes métodos ilícitos para mejorar el rendimiento. Se sentaron en el banquillo cinco personas: el doctor Fuentes, su hermana, su ayudante y los directores deportivos Manolo Saéz y Vicente Belda.
Hubo deportistas que también comparecieron en el juicio pero en calidad de testigos. En el juicio solo pudo probarse un delito contra la salud pública por parte de los responsables de la red y finalmente la Audiencia Provincial de Madrid terminó absolviéndolos a todos.
En cuanto a los deportistas solo seis ciclistas fueron sancionados, entre ellos el español Alejandro Valverde, que fue inhabilitado durante dos años. A partir de 2006 suministrar sustancias dopantes sí se convirtió en delito en España.
La Operación Puerto marcó así un antes y un después en la historia del deporte de nuestro país.