Es la propia doctrina del Tribunal Constitucional la que deja en difícil situación a su actual presidente, Francisco Pérez de los Cobos. En 2007 el magistrado Pérez Tremps fue recusado por el Partido Popular por su parcialidad a favor del Estatut de Cataluña.
El auto que lo determinó lo justificó así: "No se trata de juzgar si el magistrado recusado es efectivamente parcial o si él mismo se tiene por tal. Lo determinantes es si hay motivos para dudar de la falta de prevención y de la posición objetiva del magistrado".
Algunos implicados en procesos instruidos por Pérez de los Cobos no descartan reclamar la nulidad de aquellas resoluciones. Es el caso de la Junta de Andalucía. El PSOE defiende la parcialidad del Tribunal como valor esencial.
Por su parte los populares quitan hierro a asunto de la afiliación, incluso apuntan que todos los miembros del alto tribunal son militantes. La existencia de este auto podría desatar una oleada de impugnciones por parte del resto de formaciones políticas.