De acuerdo con la Ley de Ciencia de 2011, la creación de la AEI debería ser a coste cero, y quizá ese esté siendo uno de los inconvenientes. “Se realizará sin aumento de gasto público, y no se financiará con créditos del presupuesto financiero del Estado, salvo en los casos y con los límites que se establezcan mediante ley de presupuestos generales del Estado“.

Sin embargo, para la puesta en funcionamiento de la AEI, la actual Secretaria de Estado de Investigación, Carmen Vela, no prevé un coste cero, pretende aprovechar los recursos materiales y humanos ya existentes de otros organismos que han sido suprimidos de la estructura del Ministerio.

En septiembre de 2014, Luis de Guindos anunció que la Agencia se pondría en marcha a lo largo del año 2015.