Manuel Chaves era el presidente de la Junta cuando se inició la trama en 2001. Estuvo en el cargo 8 años más, tiempo en el que seguían las adjudicaciones a dedo. El principal implicado en el caso, el exdirector general de trabajo, Javier Guerrero declaró ante la jueza que sus superiores estaban al tanto de lo que se hacía. Chaves ha negado siempre esa acusación.
Los ERE alcanzan también al actual presidente andaluz, José Antonio Griñán. Entre 2004 y 2009 fue consejero de Economía y Hacienda. Era el responsable de los presupuestos y la persona que firmaba el dinero que iba para el fondo de los ERE.
Griñán reconoce que firmaba esas ampliaciones presupuestarias para el conjunto de los ERE. Pero según él, eran partidas de dinero legales. Afirma que las irregularidades se producían después, cuando otros subalternos repartían ese dinero a empresas y personas concretas.
Manuel Gómez, era el supervisor de las cuentas públicas de la Junta. Dice que envió hasta 15 informes a sus superiores en los que advertía de las irregularidades en el procedimiento de subvenciones.
Griñan asegura que nunca recibió ningún documento avisándole de los presuntos fraudes de Guerrero y lo confirma su entonces número 2 en el Gobierno. La exviceconsejera de economía afirma que no le pasó los informes a su jefe porque según ella no eran de su competencia.