En el período en que Cristóbal Montoro asumió las riendas del Ministerio de Hacienda, el escándalo acechaba su gestión, como se desprende de un correo electrónico confidencial en el que el Director de la Agencia Tributaria, Santiago Menéndez Menéndez, se comunica con el Inspector Jefe de la ONIF y el Director de Inspección Financiera y Tributaria, Luis María Sánchez González. El asunto, 'Informe: Javier Chicote', un periodista que había puesto en tela de juicio la actuación de Montoro en su cargo.
Cristóbal Montoro, durante la administración de Mariano Rajoy, fue objeto de fuertes críticas. Según ABC, utilizó el Ministerio de Hacienda para investigar a periodistas y políticos, generando un debate sobre el uso de la entidad tributaria para fines políticos.
En su mandato, Montoro promovió una controvertida amnistía fiscal a la que se acogieron figuras destacadas como Luis Bárcenas y Rodrigo Rato, así como más de 32.000 evasores fiscales y 700 altos cargos. Aunque defendió su actuación, nunca proporcionó explicaciones claras en el Congreso, dejando que el Director de la Agencia Tributaria confirmara las sospechas en su lugar.
Uno de los mayores escándalos durante su mandato fue la atribución a la Infanta Cristina de una compra de fincas por un supuesto error en el DNI. Esto llevó al cese de la entonces directora de la Agencia Tributaria, generando una crisis interna en el Ministerio. Se alegó que la Hacienda de Montoro estaba "llena de socialistas" y se desencadenó una serie de cambios y purgas en la cúpula, incluso en la inspección de la empresa Cemex, que estaba bajo escrutinio por una multa de 450 millones de euros.
Este no fue el único caso en el que Hacienda puso bajo el foco a periodistas, artistas y futbolistas por supuestas evasiones fiscales y deudas. Montoro los mantuvo en el punto de mira, lo que generó un clima de presión y acusaciones.
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El Tribunal Constitucional anuló la amnistía fiscal promovida por Montoro, considerándola como una legitimación del fraude, lo que llevó a su reprobación en el Congreso en junio de 2017. Sin embargo, nunca fue destituido debido a su cercanía a Mariano Rajoy y la vicepresidenta Soraya Sáenz de Santamaría. El polémico legado de Cristóbal Montoro al frente del Ministerio de Hacienda sigue generando debates sobre la politización de la entidad tributaria.