Los últimos años de vida del empresario estuvieron salpicados por un sinfín de problemas con la Justicia, uno de ellos derivado de su gestión al frente del Atlético de Madrid que desembocó en una crisis sin precedentes para el equipo: por primera vez en la historia del fútbol español un club era intervenido judicialmente
Manuel Rubí fue el administrador judicial del Atlético de Madrid en 1999 y 2000 y explica como entró en el Vicente Calderón un día de partido. Rubí había sido administrador judicial de los bienes de varios narcotraficantes en Galicia y tras su experiencia en club rojiblanco lo tiene claro: "Fue más difícil el mundo del fútbol que el del narcotráfico porque sentía más presión en la calle".
Sobre Gil, Rubí recuerda que "era una persona muy inteligente que tenía mucha llegada con sus mensajes cortos y contundentes y que rápidamente movilizaba a las masas". También recuerda Rubí "las auténticas barbaridades" que encontraron en los libros de contabilidad.
La operación fraudulenta que investigaba la justicia era la que se hizo para conseguir liquidez y evitar así el descenso del Atlético de Madrid: "El capital social se desembolsó un día y al día siguiente se retiró de las cuentas del Club", explica Manuel Rubí.
Además "había un problema importante de desvío de fondos en cuantías importantísimas del ayuntamiento de Marbella. Jesús Gil hacía una especie de caja única y mezclaba los intereses del ayuntamiento con el dinero que desviaba de allí y con los intereses del Atlético de Madrid".
"Yo me creí que Marbella era mía, fui un imbécil. Llegué a creer que era una empresa en quiebra que tenía que salvar", aseguró Gil durante una rueda de prensa.
En 2004 el Supremo extinguió la condena de estafa de Jesús Gil, por fallecimiento, y además absolvió por prescripción del delito de apropiación indebida a Enrique Cerezo y a Miguel Ángel Gil Marín, pese a que los hechos delictivos fueron reconocidos en esa sentencia.