El primer español, y único hasta la fecha, que ha viajado al espacio repite como ministro en el nuevo Gobierno de coalición de Sánchez. Pedro Duque seguirá al frente del Ministerio de Ciencia e Innovación, que pierde competencias sobre Universidades, que pasará a formar un ministerio por sí solo bajo el mandato de Manuel Castells.

Una decisión, la de separar Universidades como un ministerio, que no ha estado exenta de críticas por parte de la Conferencia de Rectores. La CRUE subraya que el 70% de la producción científica en España se produce en el ámbito universitario, y defienden el antiguo modelo ministerial para "que el impulso de la actividad científica por parte de los poderes públicos sea más eficaz".

Duque, uno de los fichajes sorpresa de Sánchez en la pasada legislatura, contará con un aumento de la inversión pública en I+D+i, según recoge el acuerdo programático alcanzado entre el PSOE y Unidas Podemos. El Gobierno de coalición destinará así más recursos a la Ciencia.

Además, el Ministerio se ha comprometido en esta nueva legislatura a facilitar la contratación de personal en los centros de investigación públicos, aumentar las becas predoctorales y los contratos postdoctorales y continuar trabajando en la equiparación de derechos del personal investigador predoctoral.

Por su parte, la comunidad científica reclama la puesta en marcha inmediata de un Pacto de Estado por la Ciencia y que "se reduzca todo lo posible la precariedad, empezando por el tema de los profesores asociados", según la Asociación Española para el Avance de la Ciencia. Además, exigen a Duque una eficacia mayor en la gestión y superar el "lastre" de la anterior legislatura por la continuidad de los Presupuestos Generales del Estado. El ministro se enfrenta así a todo un reto en esta nueva legislatura.

Del espacio a la bancada azul del Congreso

​Ingeniero Aeronáutico por la Universidad Politécnica de Madrid, Pedro Duque mantiene las calificaciones para poder volver al espacio en el futuro.

Responsable de revisión de proyectos futuros de la Agencia Espacial Europea (ESA) para vuelos tripulados, recibió el Premio Príncipe de Asturias de Cooperación Internacional en 1999 junto a los astronautas Chiaki Mukai, John Glenn y Valery Polyakov.

Antes, trabajó en el Centro Europeo de Operaciones Espaciales (ESOC) de la Agencia Espacial Europea (ESA) en Darmstadt (Alemania) (1986-1992).

En agosto de 1993, inició la preparación para la misión conjunta EUROMIR 94. Ya en julio de 1996, fue elegido por la ESA como Ingeniero de Vuelo del Transbordador de NASA.

Pedro Duque voló por primera vez al espacio en 1998 como miembro de la tripulación del vuelo STS-95 del Transbordador Espacial, en una misión científica conjunta de la NASA, la ESA y la Agencia japonesa (NASDA).

Del 18 al 28 de octubre de 2003, participó en la misión "Cervantes". En esta misión de diez días a la Estación Espacial Internacional, ocupó el puesto de ingeniero de vuelo de las nave Saiús-TMA para el despegue y aproximación (junto con la octava tripulación permanente) y para el aterrizaje (junto con la séptima).

Después de su último vuelo espacial la Agencia Europea del Espacio envió a Duque como director de Operaciones del Centro Español de Apoyo a Investigadores y Operaciones para la Estación Espacial, adscrito al Instituto de Microgravedad Ignacio da Riva de la Universidad Politécnica de Madrid. En octubre de 2011, retornó a la Agencia Espacial Europea.

La llegada de Duque al ministerio no estuvo exenta de polémica tras conocerse que el ya ministro poseía una sociedad patrimonial con la que habría adquirido una vivienda. Entonces, se defendió asegurando que le recomendaron la sociedad, que había liquidado impuestos y que le costaba mucho deshacerla.