Con afirmaciones como: "Nosotros, los nacionalistas, no somos leales a la Constitución ni lo seremos, porque no es nuestra Constitución", "¿Que qué pasaría si nos separáramos de España? En primer lugar, un enorme alivio; además, económicamente viviríamos mejor", o un poco más controvertidas como: "En una Euskadi independiente los españoles serían tratados como se trata hoy a los alemanes en Mallorca", el político nunca escondió su postura independentista y a favor de la autodeterminación del pueblo vasco.

Además, Arzalluz defendía la "identidad racial de los vascos". "No estoy diciendo que los vascos tengan derecho a quién sabe qué supremacía. La cuestión de la sangre con el RH negativo confirma sólo que este pueblo antiguo tiene raíces propias, identificables desde la prehistoria como sostienen investigaciones de célebres genetistas", defendía el el dirigente del PNV.

En una ocasión, Arzalluz llamó "tonto" al rey en 2001. Aunque anteriormente había dejado clara su postura y había reconocido que la figura del rey no era importante dentro de su formación, "porque es el rey de España", en esta ocasión fue un poco más allá. "Es tonto, porque aunque le escriban los discursos, que los lea antes para no decir tonterías", declaró durante una entrevista, a pesar de que posteriormente el PNV desmintiese tal afirmación.

Sobre la cuestión de ETA, Xabier Arzalluz fue criticado por ser algo ambiguo: "Me pregunto si lo que molesta de ETA es el tiro o la finalidad", decía sobre la posición del Gobierno contra la organización terrorista. También declaró que en el PNV "No creemos que sea bueno para Euskal Herria que ETA sea derrotada" o que "los presos de ETA no son delincuentes porque no matan para enriquecerse, ni para beneficiarse personalmente, sino por un ideal político". "Los etarras viven mal y no son cobardes, simplemente están acosados", defendió en otra ocasión.

También fueron conocidas sus declaraciones sobre el político del Partido Popular José María Aznar, del que decía que "más que un político es un 'tocho'". "Aznar sigue la línea de guerra y exterminio", o "Aznar ha instaurado un régimen que es igual que el de Franco, pero sin armas, controlan el poder económico y de los medios de comunicación, y también controlan las altas instancias judiciales. Si falla el poder judicial, se acabó la democracia", fueron algunas de sus palabras más polémicas respecto al político.