Se trata de un organismo reclamado desde hace tiempo por los investigadores para agilizar y mejorar la gestión de la ciencia en España, hacerla más transparente y lograr una mayor eficacia en la asignación de los recursos.
El modelo a seguir, según la Confederación de Sociedades Científicas de España (COSCE) es el Consejo Europeo de Investigación. Creen que con esta Agencia se lograría desligar la ciencia de los vaivenes políticos para dotarla de mayor estabilidad. Esta reivindicación histórica de la comunidad científica se recogió en los programas electorales del PP y del PSOE de las últimas elecciones.
Según se estipuló en la Ley de 2011, la Agencia estará vinculada a la Secretaría de Estado de Investigación, pero dispondrá de autonomía para la financiación, evaluación y verificación de la actividad de investigación científica y técnica destinada a la transferencia, generación y explotación del conocimiento.
Tendrá su sede en Madrid y estará presidida por un científico de reconocido prestigio internacional que haya destacado por su nivel de excelencia científica y haya contribuido de manera significativa al avance de la ciencia española tanto a nivel nacional como internacional.
La AEI es uno de los retos más importantes del sistema científico de España ya que es uno de los pocos países de la Unión Europea que carece de ella.