La investigación, en la que se empleado una nueva técnica de identificación de la Guardia Civil, comenzó tras la denuncia de la madre de la menor, en la que informaba de que, tras una limpieza general de su vivienda, había encontrado unas fotografías en las que su hija aparecía desnuda y dormida.
Además, se observaba el dorso de los dedos de la mano de una persona adulta, ha informado la Guardia Civil en un comunicado. Tras el reconocimiento forense de la menor, los agentes apreciaron que, pese a la gravedad de los hechos, la menor recordaba los hechos muy vagamente, lo que llevó al convencimiento de los investigadores de que el agresor drogaba a la niña con un medicamento con un poderoso efecto sedante y somnífero.
Este hecho fue confirmado tras la investigación, y se supo también que dicho fármaco fue suministrado de manera oculta y mezclado en las comidas de la menor. La menor jamás le contó nada a su madre porque apenas recordaba lo sucedido, y el agresor podía actuar con total impunidad debido a que la progenitora no se encontraba presente en la vivienda en los momentos en los que suministraba el fármaco y cometía los abusos sexuales.
Los esfuerzos de los investigadores se centraron en las fotografías halladas y, concretamente, en el dorso de los dedos del adulto que aparecían en las mismas. Los agentes se trasladaron a la Prisión provincial de Jaén para entrevistarse con la pareja sentimental de la madre de la menor en el momento que ocurrieron los hechos, que se encontraba cumpliendo condena por otro delito distinto.