La Complutense abrió un expediente disciplinario a Monedero en noviembre de 2015 tras la denuncia del colectivo de funcionarios públicos Manos Limpias por una "presunta vulneración" de la Ley de Incompatibilidades por sus actividades con Venezuela. El expediente ha finalizado y ha determinado que el cofundador de Podemos ha cometido una falta "muy grave".
A partir de ahora, la Complutense podrá iniciar un procedimiento administrativo para reclamar a Monedero el 10% de las cantidades que ha dejado de percibir por las actividades de este profesor de la Facultad de Ciencias Políticas en Venezuela y que realizó sin contar con la autorización previa de los responsables de la universidad.
Juan Carlos Monedero llevó a cabo estudios y trabajos de asesoría para países como Venezuela y Bolivia por los que cobró en 425.000 euros en 2013, por lo que el fundador de Podemos podría tener que devolver alrededor de 40.000 euros a la UCM.
El propio Monedero reconoció en febrero de 2015 que había realizado una declaración complementaria por la que pagó unos 200.000 euros a Hacienda, aunque puntualizó que eso no significaba que hubiera un error en la tributación por los trabajos de consultoría que había hecho en países latinoamericanos. Además, negó que Podemos se hubiese financiado irregularmente o con dinero procedente de Venezuela.