Lo ha dicho durante su declaración como testigo en el juicio de la trama Gürtel a petición de la defensa de Bárcenas, que reclamó su comparecencia en relación con viajes de los que supuestamente se lucró el extesorero y que se habrían abonado siguiendo sus instrucciones facturándose al "grupo del Partido Popular Europeo y a la Fundación de Estudios Europeos", que presidía el exministro de Interior.
Además de desvincular a Bárcenas, entonces gerente del partido, de supuestos tratos de favor a empresas de la trama Gürtel, Mayor Oreja también ha defendido al extesorero Álvaro Lapuerta, quien tampoco le llamó "nunca jamás" para sugerirle alguna cuestión de este tipo, según ha declarado.
Él mismo, como ministro, no tenía ninguna atribución para hacer esto, ha dicho, con lo que Lapuerta tampoco "tendría absolutamente ninguna capacidad de ir por los diferentes ministerios".